No organograma da FUNAPE as unidades administrativas foram estabelecidas em função do fluxo de processos e serviços necessários à execução das atividades da gestão, bem como na priorização dos critérios de eficiência e transparência, na aplicação dos recursos e utilização do patrimônio da Fundação, privilegiando a descentralização, a delegação de competências e o monitoramento das tarefas cotidianas.