A FUNAPE está credenciada junto ao MEC/MCTIC como fundação de apoio das seguintes instituições:
  Universidade Federal de Goiás (UFG) - vinculada estatutariamente e com credenciamento renovável a cada 5 anos;
  Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Goiás (IFG) - autorização de apoio renovável anualmente;
  Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Goiano (IFGOIANO) - autorização de apoio renovável anualmente;
  Universidade de Brasília (UnB) - autorização de apoio renovável anualmente;
  Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA (em tramitação);

Outras instituições também contam com o apoio da FUNAPE por meio de instrumentos próprios. Dentre estas, destacamos:
  Universidade Estadual de Goiás (UEG)
  Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
  Associação de Combate do Câncer de Goiás (ACCG), por meio de seu Instituto de Ensino e Pesquisa (IEP)

A FUNAPE, por ser credenciada como fundação de apoio junto ao MEC/MCTIC (renovado junto a estes ministérios a cada 5 anos e para as autorizações de apoio este prazo é anual), deve apresentar a Prestação de Contas e o Relatório de Atividades para avaliação do seu desempenho pelo Conselho Superior das Instituições apoiadas. Todas as ações e atos da FUNAPE são avaliados e auditados, sistematicamente, também pelo Ministério Público Estadual - MPE/Curadoria de Fundações. Ressaltamos que pela classificação que é feita anualmente pelo MPE a FUNAPE se destacou, em 2016 e 2017, em primeiro lugar entre todas as fundações auditadas. Como as instituições apoiadas pela FUNAPE são auditadas anualmente pelos órgãos de controle interno (CGU) e de controle externo (TCU), todas as ações desenvolvidas em parceria com estas instituições também são auditadas por estes órgãos de controle.

De acordo com a Lei n° 8.958/1994 a FUNAPE pode apoiar (inclusive na gestão administrativa e financeira) projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação, necessária à execução desses projetos.

É por meio da DOA (Despesas Operacionais e Administrativas) prevista nos orçamentos dos projetos gerenciados que ocorre o efetivo ressarcimento das despesas operacionais da Fundação.
É com os recursos oriundos deste ressarcimento que a FUNAPE cobre as despesas para o seu adequado funcionamento. Incluem-se aquelas envolvendo o custo de pessoal e obrigações trabalhistas com o conjunto dos trabalhadores, assessorias e consultorias necessárias, e despesas básicas (material de expediente, combustível, energia, telefone, água, aluguel, entre outras), a aquisição de insumos diversos, bem como de equipamentos e mobiliário.